1.冬虫夏草纯正菌种分离困难

      ① 获得纯正菌种是冬虫夏草人工栽培的技术关键。

      冬虫夏草真菌生长缓慢，加之常常伴生其它菌类，因此分离纯正菌株较为困难。

       从1980年至今，从冬虫夏草上分离出的无性阶段菌株共11属22个菌种，因缺乏足够证据，学术界一直难于达成共识。直至2005年10月，我国研究者才达成基本一致意见，中国被毛孢是冬虫夏草真正的无性阶段菌种。

       ② 分离出的纯正菌种在实验室培养很难进入有性阶段长出子座，只能得到营养阶段产物—菌丝体，进入无性世代，产生无性的分生孢子。许多学者认为，冬虫夏草菌在 青藏高原蝠蛾属昆虫体内能够正常发育并得以向有性阶段过渡，必须依靠其专一性寄主体内外的某些特殊成分才能完成。而且这一机制，目前尚不明确。

        ③ 冬虫夏草生长在野外、在土壤中完成其复杂的生命过程，在其生命过程中，不仅仅是冬虫夏草真菌感染虫体，同时也会沾染其它杂菌，甚至也有可能某些菌在冬虫夏 草这一生命形态的过程中，也参与了一些方面。这一过程至今科学家还没有完全研究透彻，这也是目前虽然很多国内外的科研机构进行了长期大量的研究实验，冬虫 夏草仍然是不能够人工复制的原因之一。

        2.养虫：冬虫夏草的人工栽培，需要大量的寄主虫源

        虽然目前已经发现的冬虫夏草寄主除主要寄主虫草蝙蝠蛾外，已经有报导的分布在青藏高原蝙蝠蛾属另外30余种蝠蛾亦与冬虫夏草的寄主有关。但，由于蝙蝠蛾科 昆虫是一类嗜低温、高海拔生存种类，生活在青藏高原这一特定的环境中，自然条件下一个完整的生长周期需要4－5年时间。而且其幼虫在土壤中需要经过5－6 次蜕皮，才能成熟化蛹，幼虫在蜕皮时如果幼虫密度高容易互相残杀和死亡。诸多情况，导致目前冬虫夏草寄主蝙蝠蛾的大批量人工培养还是一个难题。
 
        3.接种侵染途径尚未研究清楚

        能感染寄主的冬虫夏草菌，必须是成熟的有性生殖孢子或中国被毛孢菌丝体。而且，只有在特定环境（如降雨、温度、土壤中微量元素等的含量等）、幼虫达到一定 时期（4－5龄）且在蜕皮高峰期等条件下才易于侵染，形成冬虫夏草。而这些条件是青藏高原特有的，是在人工环境下很难模拟的。
 
        4. 环境复杂多变难以模拟

        冬虫夏草是青藏高原高山雪线以上的特有类群。高原气候独特，紫外光照强烈，而且高山草甸中蓼属植物丰富，能够为蝙蝠蛾属昆虫提供足够的食源，这是完成冬虫夏草生活史的基本保证。培菌、养虫、菌虫侵染是人工培养冬虫夏草的必要环节。

        如在其他地区人工培养，除了这几个环节外，还必须模拟适宜几个环节的环境条件。这在理论上是可行的，但实践中操作难度非常大。目前，仅在实验室中可以模拟高原特有的生态环境，但成本非常高。同时，大规模饲养蝙蝠蛾幼虫和培养虫草属菌的技术仍未解决。

        所以，至今为止冬虫夏草人工培养还无法实现。